Ante todo, Pinel figura en la historia de la medicina como nosógrafo y clínico. Desde la primera edición de su Nosographie philosophique ou Méthode de l'analyse appliquée a la mèdecine, aparecida en 1798, claramente más inspirada por Cullen que por Bossier de Sauvages, el médico de la Salpêtrière basó su clasificación de las enfermedades menos sobre los síntomas que sobre los órganos lesionados. Esta se apoyó en el método analítico aportado por naturalistas como Linneo, Daubenton, Jussieu, y por anatomistas comparados como Cuvier. Ejerció influencia, quizá exagerada, sobre el desarrollo de la anatomía patológica, de la que los trabajos de Xavier Bichat representaron la primera etapa francesa, pues en Inglaterra Hunter y sus sucesores estaban ya considerablemente adelantados en este campo. Para las "vesanias" o enfermedades mentales, Pinel siguió el orden establecido por Cullen, resintiendo evidente malestar al hacerla ingresar en la nosografía médica.
Por lo demás, presentó una clasificación muy diferente de las vesanias en su célebre Traité mèdico-philosophique sur l'aliénation mentale, cuya primera edición (1801) se centró en torno a la "manía", enfermedad mental que para Pinel fue el modelo más típico y más frecuente. En primer lugar, reconoció que las causas de la alienación eran o bien ''predisponentes" (en gran parte hereditarias) o bien "ocasionales" (papel importante de los sucesos externos y de las emociones violentas). Pero Pinel no creyó en la organogénesis cerebral directa; pensó que las lesiones cerebrales eran graves y que acarreaban trastornos serios en el plano vital, y definitivos. Mediante el concepto por demás ambiguo de "simpatía", considero que los trastornos mentales eran consecuencia de afecciones viscerales, provocadas estas, a su vez, por las emociones y las pasiones. En cierta manera, se trataba de una teoría periférica de las emociones que prefiguró a las de James y de Lange. Los discípulos de Pinel, Esquirol y sobre todo Georget, criticaron esta concepción confusa de una especie de órgano génesis secundaria. Y es que su maestro se situó, en el plano filosófico, en la encrucijada de un empirismo sensualista heredado de Condillac, del materialismo por demás simplista de Cabanis, y de las corrientes espiritualistas, de las cuales el biranismo representó el resurgimiento, en pleno confusionismo, de la frenología naciente. Revisada en la segunda edición de su Traité médico-philosophique (1809), que ya no llevaba el subtítulo de "La manía", su clasificación de las enfermedades mentales se realizó finalmente en el nivel del comportamiento, yendo desde la perturbación psíquica más ligera hasta la mas grave. De tal modo, comienza por la simple melancolía o delirio parcial "dirigido sobre un solo objeto" que antecede a la manías o delirio generalizado con su forma particular de "manía furiosa sin delirio". Después vienen la demencia o debilitamiento intelectual generalizado: "No hay juicio ni verdadero ni falso; las ideas parecen estar aisladas y en verdad, vienen unas después de otras, pero sin que exista la menor asociación entre ellas..." Por último, tenemos el idiotismo, grado último de la vesania, "abolición total de las funciones del entendimiento". El idiotismo que puede ser de nacimiento o adquirido se convertirá ulteriormente en la "demencia aguda" con Esquirol, en la "estupidez" con Georget y en la "confusión mental primitiva" con Chaslin.
Pinel, pragmático antes que nada, ejerció influencia considerable sobre la organización del tratamiento de los alienados. Aunque haya desarrollado el "tratamiento moral" ya aplicado por los médicos ingleses, al demostrar que hay siempre en el alienado trazas de razón que permite restablecer en una especie de alianza terapéutica, el diálogo interrumpido por la locura, se interesó sobre todo en la reglamentación de la institución hospitalaria psiquiátrica a la que se llamaría "asilo". Se puede comprobar que la segunda edición de Traité médico-philosophique comprende más de doscientas páginas nuevas dedicadas a exponer su experiencia institucional en Bicêtre y sobre todo en la Salpêtrière. Demostró la importancia de las relaciones con el ambiente familiar, el medio, los otros enfermos, en el desencadenamiento, la persistencia, el agravamiento de la enfermedad mental. Hizo hincapié en la disciplina, la regulación de la vida de los enfermos, su clasificación rigurosa, el aislamiento de los más peligrosos. Insistió en la necesidad de que el médico participase en la administración hospitalaria. Los tratamientos medicamentosos tuvieron para él sólo importancia secundaria. El médico alienista tenía que ser ante todo observador y director que organizase y reformase constantemente la red de relaciones en su servicio. Puede decirse que Pinel, con tales concepciones, y por intermedio de su discípulo Esquirol, fue el verdadero precursor de la formulación de la reglamentación psiquiátrica, que encontró su marco legal definitivo en la ley promulgada en Francia el 30 de junio de 1838, menos de doce años después de su muerte.
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